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公司新聞

兩種方法都能夠在很大程度上區(qū)分各個(gè)免疫細(xì)胞群體

閱讀：770     發(fā)布時(shí)間：2020/4/13 16:36:36

 單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）已成為評估免疫細(xì)胞異質(zhì)性的常用工具。近期開發(fā)的一些新方法（如CITE-seq和REAP-seq）能夠平行測定蛋白質(zhì)和轉(zhuǎn)錄本水平，但這些方法可能需要大量的資源，例如每個(gè)細(xì)胞所需的測序深度要增加一倍。
研究人員于本周二在《Cell Reports》雜志上發(fā)表了這一成果。他們利用該方法來研究免疫細(xì)胞異質(zhì)性，并采用一種名為One-SENSE的質(zhì)譜流式數(shù)據(jù)分析工具對蛋白質(zhì)-轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)集進(jìn)行可視化。
在這項(xiàng)研究中，F(xiàn)lorian Mair領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)利用帶有寡核苷酸條形碼的抗體對細(xì)胞進(jìn)行染色，并利用BD Biosciences的Rhapsody平臺來捕獲納米孔中的單細(xì)胞，以開展靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。通過這種方式，他們同時(shí)拷問了492個(gè)免疫相關(guān)基因和41種細(xì)胞表面蛋白。
為了檢驗(yàn)他們的方法，研究人員從三名健康對照身上采集外周血單核細(xì)胞樣本并分為兩批，一批開展多組學(xué)分析，另一批利用流式細(xì)胞術(shù)開展表型分析。他們發(fā)現(xiàn)，兩種方法都能夠在很大程度上區(qū)分各個(gè)免疫細(xì)胞群體。
 
此外，他們還將這種靶向轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法與常用的全轉(zhuǎn)錄組分析方法進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)這兩種方法都可以捕獲主要的外周血單核細(xì)胞譜系。
 
研究人員之后又利用一名供體的外周血單核細(xì)胞樣本（每個(gè)細(xì)胞約有27,000條序列），看看利用這種多組學(xué)方法來解析不同信號所需的讀取深度。他們對該數(shù)據(jù)集中的序列進(jìn)行二次抽樣，發(fā)現(xiàn)在使用100%的序列和使用20%的序列時(shí)，蛋白質(zhì)信號之間幾乎沒有差異。不過，僅使用10%的序列時(shí)，信號差異變得很明顯。
 
這些結(jié)果表明，對于這種靶向方法，每個(gè)細(xì)胞需要2,000至4,000條序列，僅僅是全轉(zhuǎn)錄組測序方法所需讀取深度的十分之一。此外，對于文庫中的抗體部分，每個(gè)細(xì)胞需要200-400條序列/抗體，才能提供足夠的分辨率。研究人員估計(jì)，他們的方法大約要便宜五倍。
 
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